跑商作为卧虎藏龙手游中重要的经济活动，虽然能为玩家带来稳定的收益，但在实际操作过程中却面临多重挑战。其中最核心的问题在于市场行情的不确定性，商品价格波动频繁且缺乏规律性，玩家需要时刻关注不同商人的价格变化，稍有不慎就可能因误判行情而导致亏损。这种价格波动不仅增加了跑商的操作难度，还要求玩家具备较强的市场敏感度和快速决策能力。
另一个显著挑战是跑商路线的规划与执行难度。游戏中的商人分布在不同地图，玩家需要在有限时间内完成跨区域商品买卖，这既考验对地图的熟悉程度，也受限于角色移动速度。跑商过程中可能遭遇的随机事件如劫匪袭击等，进一步增加了时间成本和风险成本。这些因素共同导致跑商效率难以提升，尤其对新玩家而言更显复杂。
资源分配与资金管理同样是跑商玩家需要面对的难题。初始资金有限的情况下，如何在不同价位商品间进行合理配置，既不能过于保守导致利润微薄，又不能过度冒险造成资金链断裂。部分高价商品虽然利润空间大，但占用资金多且周转周期长，而低价商品虽然流动性好，但单位利润较低，这种矛盾让很多玩家在商品选择上陷入两难。
虽然理论上团队跑商可以提高效率和安全性，但实际组队过程中存在协调困难、利益分配等问题。不同玩家对跑商路线和节奏的偏好差异，以及护送人员与跑商主力之间的配合度，都会影响最终收益。这种社交层面的磨合成本，使得很多玩家宁愿选择单人跑商，从而错失团队协作带来的潜在优势。
投入大量时间跑商虽然能获得银两收益，但会挤占参与其他玩法的时间，导致角色整体发展不均衡。如何在有限游戏时间内合理分配跑商与其他活动的比重，成为许多玩家需要持续权衡的问题。这种机会成本的存在，使得跑商虽然收益稳定却难以成为唯一选择。
